醫院始建于1888年，前身為“中華基督教禮賢會東莞普濟醫院”，是我國最早建立的西醫院之一，也是我國第一家德國教會醫院。經過130多年的積淀，現已發展成為集醫療、教學、科研及預防保健為一體的大型綜合性三級甲等醫院。2020年12月29日，東莞市人民政府與南方醫科大學簽訂合作共建協議，醫院成為南方醫科大學附屬東莞醫院。2021年3月，醫院入選廣東省高水平醫院重點建設醫院。

醫院總占地面積35.73萬平方米，建筑面積32.57萬平方米，下轄紅樓院區、普濟院區2個院區，中心門診部、第一門診部、第二門診部3個門診部，定編床位3100張，實際開放床位3020張，并先后與謝崗醫院、石碣醫院、市康復醫院、黃江醫院、望牛墩醫院等建立醫療聯合體。年門、急診量近360萬人次，出院人次12.4萬，住院手術6.3萬例次。在崗員工4527人，其中，正高職稱211人、副高職稱505人，博士53人（其中博士后12人）、碩士452人，享受“國務院政府特殊津貼”專家2名，廣東省名中醫3名、廣東省杰出青年醫學人才3名，東莞市特色人才6名、東莞市名醫58名，東莞市醫學領軍人才8名，東莞市醫學學科帶頭人35名，東莞市杰出青年醫學人才18名，東莞市醫學學科骨干213人。

醫院專業分工細，覆蓋病種齊全，設有43個臨床科室，10個醫技科室，擁有呼吸內科、神經內科、內分泌科、腎內科、神經外科、胸外科、眼科、燒傷整形科、腫瘤科、病理科、臨床護理等11個廣東省臨床重點專科，1個省“十一五”醫學特色專科（腫瘤科），中西醫結合腫瘤科、中醫護理、中醫臨床藥學等3個省“十三五”中醫藥重點專科建設項目，消化內科、心血管內科、普外科、乳腺科、麻醉科、泌尿外科、骨外科、口腔科、心臟大血管外科、產科、婦科、新生兒科、重癥醫學科、超聲醫學科、醫學影像科、老年護理、手術室護理、重癥護理等32個市臨床重點專科。擁有1個國家級青年文明號（冠心病重癥監護室），3個省級青年文明號，5個市級青年文明號。國家胸痛中心、國家房顫中心、國家高級卒中中心、國家藥物臨床試驗機構、Ⅰ期臨床試驗中心、國家標準化代謝性疾病管理中心、廣東省腫瘤診療建設示范單位、廣東省胸痛中心示范基地，以及多個國家級、省級、市級培訓基地、質量控制中心先后落戶我院。正加快推進硼中子俘獲治療（BNCT）項目建設。

醫院技術力量雄厚，注重發展高新技術，先后開展了造血干細胞移植技術、同種異體皮膚移植技術、放射性粒子植入技術、腫瘤消融治療技術、腫瘤深部熱療和全身熱療技術等多項國家級限制類技術，以及心血管病介入治療技術、神經血管介入診療技術、髖、膝關節置換術等多項廣東省限制類技術。在微創、介入等多個醫療技術領域居省內先進水平，腔鏡技術已向減孔、單孔、自然腔道等方向發展。開展復雜動脈夾層及腹主動脈瘤介入治療、微創腔鏡下心臟瓣膜置換手術、瓣膜矯形術、慢性閉塞病變逆向技術開通、IVUS指導下左主干分叉病變的介入治療、IVUS?指導下腎功能衰竭患者微量造影劑支架植入、神經導航輔助下顱腦病變手術、神經內鏡下顱腦病變手術、顱內復雜血管病變介入治療、脊柱腫瘤EN-BLOC（全脊椎切除）技術、全脊柱椎間孔鏡技術、顯微鏡下脊柱腫瘤切除手術、輸尿管軟鏡鈥激光碎石術、腹腔鏡胃癌根治術、結直腸腫瘤經自然腔道取出標本手術的應用、內鏡經粘膜下隧道腫瘤切除術、腹腔鏡輔助中低位直腸癌經肛全系膜切除術等多項高新技術。

醫院擁有一大批先進的醫療設備，總價值12.56億元。包括PET/CT、SPECT/CT、3.0T磁共振、256層CT、全數字化血管減影（DSA）系統、實時四維圖像引導直線加速器系統、多層螺旋CT模擬定位機、高劑量率后裝機、口腔全景DR機、數字化乳腺X光機、實時四維彩色超聲波診斷儀、經食道心臟四維超聲系統、3D電子腹腔鏡、熒光腹腔鏡、手術顯微鏡、基因分析儀、全自動微生物質譜檢測系統、全高清宮腔鏡系統、超聲支氣管鏡系統、超聲電子消化內鏡系統、超聲外科吸引系統、體外循環機系統、骨科三維C臂、移動式C形臂X射線系統（ERCP）、移動G臂、脊柱微創手術系統、鼻竇鏡系統、小兒支氣管鏡、醫用鈥激光系統、雙波長激光治療機、神經肌肉刺激治療儀、二氧化碳激光治療系統、光學相關斷層掃描儀、美國AMO眼科準分子激光手術治療系統、肺功能測試系統、超聲眼科晶狀體摘除和玻璃體切除設備及附件、內鏡電外科工作站、移動CT、體外生命支持系統（ECMO）、主動脈內球囊反搏泵、方艙CT等，顯著提升了醫院整體醫療技術水平和急危重癥處置能力，保障了臨床診斷及治療工作順利開展。

醫院堅持走科教興院、醫教相長之路，是南方醫科大學、暨南大學、廣東醫科大學醫學研究生培養點，是廣東醫科大學東莞臨床醫學院、國家首批住院醫師規范化培訓基地。承擔著中山大學、南方醫科大學、廣東醫科大學等全國10余所高等醫學院校的臨床教學和實習任務。現有博士生導師2人，碩士生導師18人，兼職教授、副教授及講師48人。醫院注重科技創新，重視科研人才培養、引進和科研投入，是東莞市腫瘤臨床醫學研究所、東莞市呼吸和重癥醫學研究所、東莞市公立醫院中心實驗室的依托單位。近5年承擔國家、省、市等各級科研課題273項，其中國家自然科學基金5項；獲市級以上科技進步獎13項，發表醫學論文1700余篇，其中SCI論文139篇。

醫院于2012年獲得國家藥物臨床試驗機構資格認定，至今已備案藥物臨床試驗專業11個、器械臨床試驗專業19個，并于2018年建成Ⅰ期臨床試驗中心。主持和參與Ⅰ類創新藥物、國際多中心新藥、仿制藥生物等效性、新器械、新檢測試劑等注冊類臨床試驗項目超過100項。

醫院堅持“醫護同心，關愛社群”的服務宗旨，不斷優化就醫流程，提高工作效率，提升服務品質。1994年獲國家“愛嬰醫院”，1995年被國家衛生部評為“三級甲等”醫院，1998年被授予“廣東省高等醫學院校教學醫院”。近年來，先后獲得全國百姓放心示范醫院、全國百佳優質示范品牌醫院、全國綜合醫院中醫藥工作示范單位，廣東省文明單位、文明醫院、百家文明醫院、衛生系統行業作風建設先進集體，東莞市文明示范單位、固本強基工程市級示范點、衛生工作先進單位、文化建設標兵醫院、市園林單位等榮譽。醫院穩居全國地級市醫院競爭力榜單前列，連續7年保持全省地級市醫院競爭力前三位，獲“粵港澳大灣區最佳醫院80強”稱號。2018年3月，醫院高分通過“三甲”復審，標志著醫院在新醫改形勢下的醫療服務能力和整體水平邁上了一個新臺階。在2018年、2019年國家三級公立醫院績效考核中取得A等級。

在新的征程上，醫院將秉承“自強不息，仁愛博精”的院訓，以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹落實黨的十九大精神，牢固樹立以人民為中心的發展思想，以人民群眾的滿意度為標準，繼承和發揚百年紅樓精神，充分發揮在全市醫療行業的龍頭作用，以建設廣東省高水平醫院和粵港澳大灣區區域醫療中心為目標，力爭在提高醫療品質、提升科教水平、優化服務體系、建設“智慧醫院”、開展社會服務和改善醫院環境等方面取得新突破，奮力書寫“灣區都市、品質東莞”建設的“品質醫療”優秀答卷。